Od 2012. do 2014. kao umjetnički suradnik dirigira i priprema projekte na Akademiji za glazbu i scensku umjetnost u Beču (Der Schauspieldirektor od Mozarta, opera Mavra i balet Pulcinella od Stravinskog, Der Freischütz od Webera).

U kolovozu 2015. asisitirao je maestru Georgu Fritzschu u pripremi Weberove opere Der Freischütz (Strijelac vilenjak) na opernom fesrivalu Jopera u Jennersdorfu.

U listopadu 2015. godine Matija Fortuna bio je polufinalist međunarodnog dirigentskog natjecanja «Lovro von Matačić» (među 6 najboljih natjecatelja).

 Od prosinca 2015. godine zaposlen je na Muzičkoj akademiji Sveučilišta u Zagrebu, kao asistent profesoru Mladenu Tarbuku na Odsjeku za dirigiranje, harfu i udaraljke te sudjeluje u radu Simfonijskog orkestra Muzičke akademije i pripremi opernih projekata, a u ožujku ove godine izabran je u zvanje docenta.

Od rujna 2015. godine surađuje s Hrvatskim narodnim kazalištem Ivana pl. Zajca u Rijeci, gdje je dirigirao predstavama „Rigoletto“ Giuseppea Verdija, „Andrea Chenier“ Umberta Giordana, „Werther“ Julesa Masseneta, «Šišmiš» Johanna Straussa, “La Boheme” Giaocoma Puccinija, te “Labuđe jezero” Pjotra Iljiča Čajkovskog. Kao dirigent asistirao je u pripremi opere «Giulio Cesare» Georga Friedricha Händela,  te u drugim opernim i simfonijskim produkcijama, a dirigirao je i novogodišnje simfonijske koncerte.

U ožujku 2019. godine asistirao je maestru Lorisu Voltoliniju u pripremi opere Andrea Chenier u Slovenskom narodnom gledališću u Mariboru.

U studenom 2021. godine debitirao je u Hrvatskom narodnom kazalištu u Zagrebu dirigiravši Puccinijevu operu Lastavica.

Nastupao je sa Zagrebačkom filharmonijom, Varaždinskim komornim orkestrom i Hrvatskim komornim orkestrom, a surađuje sa Simfonijskim orkestrom, zborom i tamburaškim orkestrom Hrvatske radiotelevizije.

Od rujna 2023. godine Matija Fortuna je umjetnički voditelj Tamburaškog orkestra HRT-a, a u razdoblju od 2022. do 2024. godine bio šef-dirigent Orkestra mladih glazbenika.

Matija Fortuna sudjelovao je na raznim dirigentskim seminarima u Hrvatskoj i inozemstvu, među kojima valja istaknuti seminare u Moskvi sa poznatim ruskim dirigentom i pedagogom Yurijem Simonovim, gdje je imao priliku dirigirati Moskovskom Filharmonijom (2013. i 2014. godine).

Usavršavao se kod mnogih uvaženih dirigentskih pedagoga: Nicolas Pasquet, Colin Metters, Georg Fritzsch, Mark Heron, Clark Rundell, Ralf Weikert, Gianluigi Gelmetti, David Reiland, Alun Francis, Karolos Trikolidis, Stephen Cleobury, Gerald Wirth i dr.